Galactic Republic berada dalam masa kemunduran dengan birokrasi yang busuk dan korup serta keadaan ekonomi yang memburuk. Sebagai tanggapan terhadap pajak perdagangan, Federasi Dagang melakukan blokade perdagangan di planet Naboo. Berharap untuk menyelesaikan masalah ini, Mahkama Kanselir mengirim dua Jedi, Qui-Gon Jinn (Liam Neeson) dan muridnya, Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor), untuk bernegosiasi dengan Federasi Dagang yang dipimpin oleh Viceroy (semacam gubernur), Nute Gunray (Silas Carson). Tanpa sepengetahuan mereka, Federasi Dagang bersekutu dengan Dark Sith, Darth Sidious, yang memerintahkan mereka untuk membunuh kedua Jedi tersebut dan menyerang planet Naboo dengan pasukan tempur droid. Menghindar dari serangan itu, mereka menyelundup ke dalam kapal yang mendarat dan melarikan diri ke planet Naboo. Qui-Gon menyelamatkan seorang bangsa Gungan bernama Jar Jar Binks (Ahmed Best) yang terbuang dari planetnya saat terinjak-injak oleh sebuah tank milik Federasi. Karena berhutang budi, Jar Jar membawa mereka menuju kota Gungan yang ada bawah laut yang dipimpin oleh Otoh Gunga, Di tempat itu, kedua Jedi gagal membujuk bangsa Gungan untuk membantu bangsa Naboo, meskipun mereka mampu memperoleh transportasi untuk mencapai kota Theed yang berada di permukaan.
Ratu
planet Naboo yang masih muda belia dan baru naik tahta, Padme (Natalie
Portman), ditawan oleh Federasi Dagang tersebut, namun berhasil
diselamatkan oleh Qui-Gon dan Obi-Wan yang kemudian membawanya ke planet
Coruscant. Dalam perjalanan mereka terpaksa harus singgah di planet
Tatooine karena pesawat yang mereka tumpangi mengalami kerusakan mesin.
Saat Qui-Gon bersama Jar Jar, R2-D2 (Kenny Baker), dan Padme mencari
suku cadang untuk memperbaiki pesawat mereka yang rusak, Padmé yang
menyamar menjadi pelayan bertemu dengan seorang budak yang masih bocah
bernama Anakin (Jake Lloyd) bersama ibunya, Shmi (Pernilla August), dan
droid-nya C-3PO (Anthony Daniels). Anakin adalah bocah cerdas dengan
kandungan midi-chlorian yang sangat tinggi dalam tubuhnya, yang konon
jauh lebih tinggi dari pada Ksatria Jedi manapun termasuk Yoda (Frank
Oz).
Qui-Gon
merasa yakin bahwa Anakin adalah orang yang diramalkan akan memberi
keseimbangan pada Force. Qui-Gon kemudian membuat taruhan dengan majikan
Anakin: Watto (Andy Secombe), untuk memasukkan Anakin dalam sebuah
turnamen podracing, dan jika Anakin menang, ia akan dibebaskan. Anakin
berhasil memenangkan perlombaan dan Qui-Gon membawanya untuk dilatih
sebagai Jedi, tetapi ia terpaksa meninggalkan ibunya di planet Tatooin
karena Qui-Gon tidak dapat membebaskannya juga. Sebelum mereka pergi,
mereka diserang oleh Darth Maul (Ray Park), yang dikirim oleh Darth
Sidious untuk menangkap Padme. Setelah bertarung singkat, mereka
berhasil melarikan diri.Qui-Gon kemudian meminta ijin kepada Yoda untuk membawa Anakin ke Coruscant mengangkatnya menjadi murid, dan berusaha membujuk Dewan Jedi untuk melatih Anakin sebagai Jedi, tapi Dewan menolak karena Anakin terlalu tua, yang akan beresiko dia beralih ke sisi gelap dari Force.
Di sidang Senat Republic, Padme menjelaskan kondisi Naboo. Namun karena mendapat tanggapan negatif dari Vallorum (Terence Stamp), pimpinan Galactic Republic. Senator Palpatine (Ian McDiarmid) dari Naboo meyakinkan Ratu untuk mengajukan mosi tidak percaya pada Pemimpin Galactic Republic, dan agar dipilih pemimpin baru yang lebih kuat yang akan membantu mengakhiri konflik. Mosi Padme mendapat dukungan dari anggota senat lain karena Vallorum dianggap antek Federasi Dagang. Tak lama kemudian di angkatlah Palpatine menjadi pimpinan baru Galactic Republic.
Sebetulnya semua ini adalah skenario dari tokoh misterius Sith yang tidak diketahui identitas sebenarnya (tokoh Sith sebenarnya adalah Palpatine), sekaligus awal dari kemunculan kembali Sith setelah sekian lama menghilang.
Seiring film bergulir, Qui-Gon akhirnya terbunuh ditangan Darth Maul, dan Darth Maul mati ditangan Obi-Wan. Anakin kemudian diangkat menjadi murid oleh Obi-Wan yang telah menjadi Ksatria Jedi atas persetujuan oleh Dewan Jedi.




